3 boyutlu tomografiler ve sanal cerrahi planlaması; ortognatik cerrahi planlanmasında ve uygulanmasında da kullanılmaktadır. 3 boyutlu sanal ortaognatik cerrahi planlamada; çene ve yüzdeki sert doku, yumuşak dokular ve dişlerle ilgili her aşama izlenmekte, üzerinde çalışılabilmekte ve hekime ve hastaya operasyon sonrası ortaya çıkacak en ideal sonucu göstermektedir.
Tedavi öncesi yapılan bu simülasyon ile operasyon yapılmadan ortaya çıkacak sonuç 3 boyutlu olarak izlenebilmektedir. Bu simülasyona göre sanal ortamda hazırlanan cerrahi splintler üretilerek operasyonda güvenle kullanılmaktadır. 3 boyutlu sanal planlama ile uygulanan ortognatik cerrahi ile minimum hata payı ve mükemmele en yakın sonuç elde edilmektedir.